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科研技能在线绘制PCA图和Heatmap,一键出图

  主成分分析(PCA) ,是考察多个变量间相关性的一种多元统计方法,研究如何通过少数几个主成分来揭示多个变量间的内部结构,即从原始变量中导出少数几个主成分,使它们尽可能多地保留原始变量的信息,且彼此间互不相关。
  图1 主成分分析得分图
  在生物医学领域,生物样本存在于一个复杂的系统,容易受各种环境因素及自身基因、代谢等因素的影响,变量非常多。PCA可以从复杂的数据中找到最主要的元素,去除噪音和冗余,所以应用较为广泛。
  作为目前比较常见的可视化手段之一, 热图(Heatmap) 因其丰富的色彩变换和生动饱满的信息表达被广泛应用于 各种类型的数据分析 。热图可以用来进行差异数据的具像化显示,直观地展示重点研究对象,同样可以对样本进行聚类,从而观测样品质量等。虽然热图表达形式各样,但其基本元素却是通用的。
  下面为大家介绍一种在线就可以绘制PCA图和Heatmap的方法,该方法用到的在线工具为 ClustVis ,网址为:https://biit.cs.ut.ee/clustvis/
  一、上传绘图数据
  点击上方菜单栏 Data import ,再点击左侧菜单栏 Upload file ,上传已准备好的数据,数据格式可以是.txt和.csv,数据大小不应超过2M。
  当然也可以点击 Paste data 复制粘贴自己的数据。
  ClustVis贴心的为使用者准备了样例数据,点击左侧菜单栏Load sample data,可以看到数据被识别为三部分,分别为Column annotations、Numeric data 、Row annotations。
  那么, 上传的原始数据应该是什么样式呢 ?
  这里为大家展示下原始数据样式( 数据不具有实际意义,仅作展示用 ),需要绘制PCA图和Heatmap图的同学按该格式准备自己的数据即可,上传后检查下上面三部分是否正常。
  如果需要转置数据矩阵,则点击左侧菜单栏最下方transpose matrix(数据点击了transpose matrix)。
  二、数据预处理
  数据上传完成之后,点击上方菜单栏 data pre-processing 开始数据预处理,处理结果分为 六个部分 :矩阵大小信息Data matrix size、行缺失值Missing values (NAs) in rows、列缺失值Missing values (NAs) in columns、主成分方差解释Variance explained by principal components 、主成分Principal components和载荷系数Component loadings。
  如果需要 自定义分析过程 ,则点击左侧菜单栏相应按钮,主要有:transformation:对原始数据求进行对数处理;column annotation groups to keep:数据注释信息的保留,建议全部勾选;其他选项如Row scaling和PCA method等可根据个人需求调整。
  三、PCA可视化
  此步 直接点击上方菜单栏 的 PCA 即可出图。
  如果需要自定义,可以点击左侧菜单栏的change data options、change display options和change plot labels 调整图片的图例、长宽比例、点的大小等。
  四、Heatmap可视化
  点击上方菜单栏的Heatmap即可自动出图。
  如果仍需自定义,同样可以点击左侧菜单栏的change data options、change display options和change plot labels 调整图片的行列聚类方法、行列注释信息显示与否、长宽比例、配色方案、点的大小、行列名称的字体大小等。
  五、图片/数据导出
  我们可以在PCA和Heatmap菜单下保存PDF、EPS和SVG图片格式,可以在Export菜单下保存分析过程产生的CSV表格数据等。
  版权申明:本文系"启帆医学BioSCI"公众号转载,仅作分享之用,文章版权属于原作者。如果分享内容侵犯您的版权或者非授权发布,请及时与我们联系,我们会及时审核处理。

加入快走一族,其实一起迈开腿就是最好的锻炼!五月份是全球健走月,健走是最简单的免费的锻炼方法之一。健走是一种经常被忽视的一种运动形式,它可以帮助你锻炼耐力,燃烧多余的热量,让你保持健康。那么每天走多久或者多远才合适呢?其实你一滴精十滴血,是真的吗?一滴精十滴血是真的吗答不是,不然所有的吸血鬼电影都变成AV了从医学角度来说,精液不是一种单一的液体。通常情况下精液的成分有精囊腺液尿道球腺液附睾液输精管壶腹液等分泌物,它们大概占精不小心看到了男票的丁丁,怎么不是18cm?不小心看到了男票的丁丁,怎么不是18cm?额不勃起的状态下,多少厘米算短啊?丁丁有多长,算正常???据美国国家科学院院刊发表的一项研究显示,女性对丁丁大的男性评价更高。在女性视角中我们可以为家人的睡眠做些什么?偶尔跟家人视频聊天的时候,常会听到TA们抱怨一些家长里短,但更多的是关心你在外面过得怎样,工作是否顺心。而很多时候,只有在忙碌的间隙,大多数人才可能会突然想起家人TA头痛的老毛病有无痛分娩为什么推广难cp无痛分娩为什么推广难随着世界上第一例无痛分娩出现后,这种定义为更人性化一点的分娩方式得到了广大孕妇的认可和接受,只是在我们国内并未把它列为基本的公共医疗卫生服务,以及结合我们目既是医生,又是母亲这就像穿着溜冰鞋表演杂技同时作为一名医生和一位母亲就像穿着溜冰鞋表演杂技一样这是一场艰苦的演出,整个过程充满了不可预知,几十年的表演带来满满的成就感和使命感,也少不了自责和愧疚不论如何,每个穿着白衣的演员如何帮助女票安稳度过姨妈期首先,你得有个在此前提下,希望这篇小文能够让你女票意识到你有多么爱她如果,你并没有满足女票这一既成条件,这票小文也许能帮你追到心仪的姑娘哦。废话不多说,我们都知道,姨妈是个烦人的亲尿路感染,怎么对你说拜拜最近打篮球认识了不少朋友,敖子是和我最默契的一个敖子是国内顶尖学府的大学生,不张狂不计较能讲段子,却从不说脏话讲真,看到他,莫名地会对我guo的教育充满信心能突能传,和我这个大高个尿路感染必须要多喝水?专家来告诉你除了喝水,还能怎么预防是的!昨天和大家分享了尿路感染引发的一幕幕闹剧。柒大夫的好朋友邓仔渐渐从女神擦肩而过的阴影中走出来之后,终于把矛头指向了罪魁祸首尿路感染。这一期我们就来谈谈尿路感染到底是怎么一肥s柒大夫小技巧如何快速憋尿?憋尿虽然是个不健康的习惯,但是做妇科B超检查时为了更好的显示卵巢和子宫,需要憋尿。柒大夫就给大家分享一些憋尿小技巧。1喝水前吃点东西空腹憋尿比较慢,所以喝水前可以先吃点东西。喝的饮为什么我很注意私处卫生,还是得了尿道炎?女性由于尿道短而直的生理结构,更加容易得尿道炎。出现尿频尿急甚至血尿的症状。有的女性可能会提问我已经非常注意个人卫生了,甚至会有一个专门清洗私处的盆,即便不能洗澡也会清洗私处,为什
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