噶尔丹的落败和死亡，准噶尔二代雄主策妄阿拉布坦的上位

　　康熙二十九年六月二十一日，理藩院尚书阿喇尼没有来得及等待大军集合就率先对噶尔丹发起攻击，这就是乌尔会之战。当时阿喇尼听到说噶尔丹有两万兵马在乌尔会河，于是率兵果然遇到了噶尔丹的军队，于是决定兵分两路来个夜袭。
　　＂分兵二队，乘夜往袭。 二十一日昧爽，于乌尔会河地方，及其营，令所选蒙古勇士二百余攻之。令喀尔喀兵五百，驱其所掠。未及战，诸部落喀尔喀兵，争取其子女牲畜，阵动不能止，遂退。厄鲁特分两翼，阵而立，我军次队继进，厄鲁特发鸟枪，军退。前队兵及喀尔喀兵复进，喀尔喀畏其鸟枪，先却，诸部落兵力薄，亦退。厄鲁特增兵，从山上绕出我左右，我军不能进，遂歙兵归。是役也，厄鲁特多火器，而我火器兵未至，是以不得前进，乃驻乌珠穆沁之鄂尔折伊图，以俟诸军＂
　　这次战役因为阿喇尼的冒进使得清军损失惨重，这是清朝和准噶尔之间的第一次战争，兵力攻击四万余人，战争时间持续了半天左右，以准噶尔军队的胜利告终。
　　但是我们可以看出这不是一次正规的战争，阿喇尼本身就是个缺乏军事素养的官员，再加上他所带领的军队也是缺乏战斗经验的部队，再加上他本人的冒进导致战争的失败，最后被贬官四级，而其他的官员被革职。
　　＂阿喇尼、纪尔他布等，违命轻战，以致失利，俱应革职。同往官员，俱革职。＂
　　之后就是历史上有名的乌兰布通之战。
　　康熙让裕亲王福全为抚远大将军，出古北口。恭亲王常宁为安北大将军，出喜峰口。七月底，噶尔丹抵达乌兰布通，遇到了福全的大军，于是噶尔丹南下的兵路被堵。之后常宁与福全两路大军会合。
　　为了阻断噶尔丹的消息和经济来源，康熙让人没收了噶尔丹派出去的1500人的商队所带的马匹，当然为了让自己大军能够得到充沛的物资，甚至还征召民间的商队帮忙运送。
　　在清朝和准噶尔一触即发的时候，还有个蠢蠢欲动的沙俄，康熙自然不会忘记，于是直接告诉俄罗斯使者不要动不动就给噶尔丹支援，后面噶尔丹要去沙俄借兵的时候康熙就警告在北京的使者，噶尔丹要出兵打得是喀尔喀，但是现在喀尔喀已经归顺清朝了，如果你们出兵那就是明目张胆和清朝作对，那我们就是另外一个局面了。
　　当然就算是准噶尔内部，也不是谁都信服噶尔丹的，就如策妄阿拉布坦，当初在噶尔丹和喀尔喀大战时，策妄阿拉布坦偷了噶尔丹的家，导致噶尔丹妻离子散。之后策妄阿拉布坦的队伍越来越大，额尔齐斯河上游至乌布萨泊的广大地域都在他的掌控之中。
　　只要争取到他的支持，战争的胜算就多一分。
　　我们读了史书可以发现，康熙更倾向于于和平解决任何一个问题，在噶尔丹问题上五次三番都要做个中间人来调解争端，但是噶尔丹这个人比较固执，相对于康熙的和平，他更喜欢用拳头说话。
　　康熙二十九年七月二十九，噶尔丹在乌兰布统屯兵威胁京师，到了八月初一福全带兵和噶尔丹交锋，这次的战争双方都没有占到便宜，相反都损失惨重。噶尔丹还专门买到了很多沙俄来的大炮，面对如此重火力的压制，佟国纲等人都牺牲在了战场上。
　　之后噶尔丹就让人去清军大营讲和，再三强调说自己十分有诚意，而福全也觉得可信就同意暂时停火，但是就是这个决定让清军延误了战机，使得噶尔丹有了逃命的机会，于是福全在回京后受到了处分。
　　八月，噶尔丹请求今往界上，视水草善地无人之处， 驻扎侯旨。而中央也认为噶尔丹似乎是有诚意的，而且他现在也不敢反抗我们了。
　　于是康熙就给噶尔丹回信：
　　＂闻汝深入骚扰，朕仍念尔向来职贡通好，是以遣和硕裕亲王，及皇予等，授之以兵，与汝共议，非令讨汝也。尔众先动，我兵始举。是战之后，王及大臣，奏请再战，而朕止之；盛京、乌喇、科尔沁军，又请与战，朕又以待尔回奏而止之。今尔以誓书来，请罪求和。王及大臣，体达赖喇嘛及朕好生之素心，按兵不行追杀。尔今率尔兵出界而居，不得擅犯我属下部落喀尔喀一人一畜，亦不得有一人与众部落往来通使。尔倘有窘迫，奏闻于朕，朕必如前旨抚养，断不念尔旧愆；若再违誓言，妄行劫夺生事，朕厉兵秣马，见俱整备，必务穷讨，断不中止。
　　康熙三十年一月，噶尔丹回到喀尔喀之后又让人和沙俄来往，因为他一直都知道得到沙俄的军事支持是十分有利的。还专门给沙皇写信表示：
　　我等与陛下一向是具有同一事业的兄弟，友好亲善。蒙古乃陛下和我等之敌人。为了贵我双方事业的成功，敬请陛下就兵员、火药、弹铅和大炮等等一切作战之所需，给予至善的谕旨。
　　之后又和沙俄的托波尔斯克行政长官派马特维・尤金多次面谈。
　　康熙三十一年，清朝的员外郎马迪领旨前往策妄阿拉布坦，走到哈密地区却被噶尔丹属下的五百多人突袭，遇害身亡，而他们身上带的东西也全被抢劫一空。
　　之后噶尔丹又给康熙说大皇帝啊，我是忠诚的，于是康熙就给他一顿骂，就说你寻思我这人喜欢和平就三番五次来这套，然后又出尔发尔是吧。这时候大臣们也表示不如乘机消灭噶尔丹算了，前段时间我们的大臣马迪都被这人给杀了！
　　康熙就表示：
　　前噶尔丹战于乌阑布通，退回之时，誓不复扰我边境。近以钦差颁赏员外郎马迪等被害，噶尔丹又不及与知，乃其种类所为。已遣使请罪，蒙上宽宥，赐以敕书。目下噶尔丹，并无逼近边塞之衅。
　　康熙对噶尔丹的态度就是如果你迫不得已归降，那就是假如你噶尔丹迫不得已而来归， 皇帝将受而养之，不能归故土，其移近边汛，也当厚加恩赐，如决计入降，益从优抚养。
　　但是噶尔丹回到漠北之后，一边对中央表示顺从，但是又一边招兵买马和沙俄眉来眼去。康熙三十三年噶尔丹和策妄阿拉布坦发生冲突，与此同时又让使者带着大批人去进贡，清军将领就报告给康熙说这些人明着是来朝贡的，其实是来做奸细打探消息的。
　　康熙就把噶尔丹大骂了一顿，说你和喀尔喀交战以来的所作所为都没有一件是可以看的，现在你来京城给我把这件事交代清楚，不然我们也别有什么贸易往来了。但是很明显康熙的话噶尔丹完全置之不理，因为不久后康熙就收到消息说噶尔丹在谋划打喀尔喀，康熙十分失望，于是就让费扬古等人做好战斗准备。
　　康熙三十五年二月，噶尔丹大军在巴彦乌兰地区已经三个多月时间，康熙认为噶尔丹未进一步是我方的大好时机，于是决定亲征。清军兵分三路，诏黑龙江将军萨布素则例币出东路，费扬古及振武将军孙思克、西安将军博雾，帅陕甘兵出西路，上统大军由独石口出中路，约期夹攻＂
　　但是大军的行路并不顺利，费扬古带领的西路军遇到大雨，导致大军行进七日就疲惫不堪且粮草的供给也出现了问题，其他两路大军出现的问题则是因为各种各样的问题和西路军的耽搁导致原本八十日的粮草出现短缺的情况，一时间进退两难。
　　于是康熙就决定把自己亲征的消息透露给噶尔丹，实际上就是为了让噶尔丹有心理压力主动投降，噶尔丹知道消息之后却直接跑了，康熙只能让士兵去追击，又让人告诉给费扬古让他在路上堵截噶尔丹的军队，于是五月十三日，西路军和噶尔丹大军在昭莫多相会。
　　时敌军至者近万，皆百战之贼。我军饥疲，马僵其半。费扬古以马力不能驰击，非反客为主，以佚待劳不可。距敌三十里，即止营其地。有小山三面皆距河，林木荟蔚，可设伏。乃率左右翼步骑，先据小山阵于东，余沿土腊河阵于西。遵上所授方略，各军皆下马步战，约闻角声始上马。＂
　　于是噶尔丹的军队在清军的火力压制下溃败，带着几十个骑兵跑了。
　　当然在康熙武力压制之前也做了一系列的准备工作，首先招降了噶尔丹的士兵，康熙三十六年正月，噶尔丹儿子在巴尔库尔被哈密贝杜拉伯克逮捕，之后送到副都统阿南达处，于是康熙就力排众议决定对噶尔丹进行最后的讨伐。二月出大同，三月初抵达宁夏，此时的噶尔丹在萨克萨特呼里克，康熙再次让噶尔丹来降，又联系策妄阿拉布坦。但是这时候康熙却听到一个消息：噶尔丹已经在三月十三日病死。
　　但是准噶尔不会因为噶尔丹个人的陨落就画上句号，相反会随着噶尔丹侄子策妄阿拉布坦的上位开启新的篇章。
　　在策妄阿拉布坦上位后，清朝想到他至少在短期内对朝廷造不成什么威胁，于是就同意他征召噶尔丹的旧部，再加上此时的清朝已经不大有过分的精力来关注准噶尔问题，于是就暂时放纵。而策妄阿拉布坦也马上让人去北京朝贡，意在告诉北京方面自己很有诚意和他们保持友好的关系。
　　但是这也给清朝和准噶尔争取到了二十年的和平发展。