清顺治元年（1644年），清军入关。最初，在陪都盛京设驻防内大臣。顺治三年(1646 年)，改驻防内大臣为昂邦章京，昂邦是指官位高的大臣；章京，来自汉语＂将军＂一词，给镇守总管印。 顺治十年五月九日(1653 年 6 月 4 日)奉谕，增设＂宁古塔等处地方昂邦章京＂，从此，宁古塔地方(包括松花江、黑龙江和乌苏里江流域广大地区)从盛京昂邦章京辖区中分离出来，形成了又一个完全独立的军事戍守区和行政区。东北地区也开始分属于盛京昂邦章京和宁古塔昂邦章京。今天的吉林省行政区域大部在宁古塔昂邦章京辖区内，只有很小的一部分在盛京昂邦章京辖区里。 康熙元年(1662 年)十一月，宁古塔昂邦章京改称＂镇守宁古塔等处将军＂，简称＂宁古塔将军＂。同时，＂盛京昂邦章京＂迁徙辽东，改统辖今辽宁地区的＂昂邦章京＂为汉称＂镇守辽东等处将军＂，简称＂辽东将军＂，康熙四年（1665年），又改称＂镇守奉天等处将军＂，简称＂奉天将军＂。而到了乾隆十二年（1747年）＂辽东将军＂又移驻回盛京，定称＂镇守盛京等处将军＂，又叫回到＂盛京将军＂的名称。 康熙十五年(1676 年)，宁古塔将军奉命移驻船厂(今天的吉林省吉林市)，与吉林副都统同城驻防，合署办公。宁古塔留一员副都统驻守。乾隆十五年(1751 年)十二月十九日，宁古塔将军衙门及所属部门关防，一律铸印＂船厂＂字样， ＂船厂＂作为地名首次用于将军印信，这时的宁古塔将军，也被称为＂船厂将军＂。 宁古塔将军是宁古塔地方的最高军政和最高行政长官，负有＂绥和军民、秩祀山川、辑宁边境＂的职责，以＂军府之规＂ ，行＂旗民之治＂ ，全面统辖八旗官兵戍守全境。将军统辖满洲八旗、蒙古八旗和汉军八旗的一切事务，同时，还全权负责境内府县民人事务，集军政、民政于一身。驻防八旗受治于将军，将军直达兵部。 总体来讲，将军一职相当内地行省巡抚或总督，但因为是在驻守清朝的肇兴重地，全权掌握地方军政与民政，其地位与职权大于其他行省的总督和巡抚，委任时也更为隆重。 宁古塔将军是镇守宁古塔等处地方的最高军政长官，初制正一品。从满洲、蒙古副都统和本处副都统中选任。康熙二十三年(1684 年)议准，将军官缺可从满洲任汉军副都统中选用。 清初，宁古塔将军镇守疆域范围包括：＂东至海(就是今天的日本海)三千余里；西至威远堡边门五百九十五里开原县界；南至长白山(南鸭绿江)一千三百余里的南朝鲜界；北至拉哈福阿色库地方六百余里的蒙古界；东南至希喀塔山(也就是锡赫特山脉) 二千三百余里海界(指黑龙江口外、库页岛和善塔尔群岛东北海，即今鄂霍茨克海)；西南至英额门七百余里的盛京将军界；东北至合者(即赫哲)、飞牙喀三千余里海界；西北至黑儿苏(也就是赫尔苏)门四百五十余里蒙古界＂。这个区域包括外兴安岭、乌第河以南，黑龙江下游和乌苏里江两岸的全部地区，包括库页岛在内的沿海及其它岛屿。 康熙二十二年(1683年）九月，清廷又添设镇守＂黑龙江等处地方将军＂，简称＂黑龙江将军＂，驻黑龙江东岸的黑龙江城(今俄罗斯的布拉戈维申斯克附近的维肖洛耶村)。从此，形成了辽东将军、宁古塔将军、黑龙江将军并立，共同镇守东北地区的体制，这也是后来东北三省行政区域的最初雏形。 宁古塔将军辖区相应的做了调整：将原属宁古塔将军辖属的亨滚河上源支流哈达乌拉河，黑龙江北岸的毕占河以及东流松花江等河流以西之地分出，划为黑龙江将军辖区，这些河流以东地区，包括松花江以东，乌苏里江、绥芬河、牡丹江、图们江流域，黑龙江下游亨滚河以南至海诸岛，包括库页岛，仍归宁古塔将军镇守。 宁古塔将军辖区共管治15个旗署和一个厅两个县民署。其中，属吉林省现辖区的有： 吉林、伯都讷(今天的扶余市)、乌拉(今天的永吉县)、珲春、伊通、额穆赫索罗(今天的敦化市)、伊通门(今天的长春市南 40 里处)、巴彦赫佛罗门(今天的舒兰县西黄山咀子)、赫尔苏门(今天的怀德镇南)、布尔图库门(今天的四平市东南)等 10 个旗署，吉林厅和长宁县。现辖区中的白城、洮南以及柳条边东的梅河、通化、白山等市、县大部地区，当时归属辽东将军辖区。 乾隆二十二年(1757 年)宁古塔将军改称镇守＂吉林等处地方将军＂，简称＂吉林将军＂。吉林将军之下分设吉林、宁古塔、三姓、伯都讷、阿勒楚喀五个副都统和珲春专城驻防，管理满洲、蒙古、汉军、锡伯、巴尔虎等旗户，以及＂打牲之部＂。 黑龙江将军最初驻扎在瑷珲城，1690年（清康熙二十九年），移驻墨尔根城（今嫩江县城）。1699年（清康熙三十八年），移驻齐齐哈尔城。 黑龙江将军辖区初期，广袤数千里。东至毕占河、南至松花江，与吉林将军辖区接壤；北至外兴安岭与俄罗斯为界；西至喀尔喀接车臣汗部界。南北距3800余里，东西距3100余里。1689年（清康熙二十八年），中俄签订《尼布楚议界条约》，确定了中俄两国东段边界，即以额尔古纳河、外兴安岭至海为界。额尔古纳河右岸为中国领土，左岸为俄国领土；外兴安岭至海，岭南为中国领土，岭北为俄国领土。外兴安岭与乌第河之间待定另议。 黑龙江将军，初期先后分设黑龙江、墨尔根、齐齐哈尔、呼伦贝尔（今呼伦贝尔市海拉尔区）、布特哈（今莫力达瓦达斡尔族自治旗境内）、呼兰6城。至光绪年间，又先后增设兴安城（今嫩江县境内）和通肯城（于海伦河北新建通肯城），史称＂黑龙江八城＂。到1906年（清光绪三十二年），黑龙江将军辖区先后设置呼兰府、绥化府、海伦直隶厅、黑水厅（今龙江县）、大赉厅（今大安市）、肇州厅、安达厅、巴彦州、木兰县、兰西县、青冈县、余庆县（今庆安县）、拜泉县、大通县（今通河县）、汤原县，计2府、5厅、1州、7县。 盛京将军下辖奉天、锦州、熊岳三个副都统，东至兴京边二百八十余里吉林乌喇界，西至山海关八百余里山海卫界，东南至金州南境七百三十余里海界，北至开原边二百六十余里，东南至镇江城五百四十余里朝鲜界，西南至海八百余里，东北至威远堡二百三十余里永吉州界，西北至九官台门四百五十余里蒙古界。 盛京将军主要驻防地为盛京、兴京、凤凰城、义州、牛庄、锦州、金州、辽阳、熊岳、复州、宁远、广宁、铁岭、开原等。
