利用线粒体DLoop序列研究全世界山羊母系遗传多样性及系统发育

　　为从分子水平上进一步理解世界范围内山羊母系遗传多样性、基因流变迁、群体结构和群体扩张历史。
　　西南大学动物科学技术学院俄广鑫教授团队 利用已公布的4165个来自于全世界196个品种的山羊线粒体D_Loop序列，进行核苷酸多样性、单倍型构建、单倍型多样性、群体系统发育学研究、中性检验及群体遗传距离等一系列遗传参数进行评估。在全部个体的401 bp片段长度的D_Loop区域内共鉴定得到301个多态位点，总体核苷酸多样性为0.03471；构建获得并构建2409个D_Loop单倍型，单倍型平均多样性为0.9983。系统发育分析表明，98.92%的单倍型被聚类为已知的6个山羊线粒体D_loop单倍型簇，其中单倍型A所占比例最大(86%)，D_Loop单倍型B簇在中国山羊中出现频率最高。中国西南地区山羊群体中发现了两个未知的D_Loop单倍型簇(Unknown I和Unknown II)。分子方差分析(AMOVA)和群体间成对差异(PiXY)研究结果表明，不同品种家养山羊间群体变异较小，群体遗传分化与地理分布不完全一致，表明群体间广泛存在遗传物质交流。中性检验(Tajima‘D和Fu’Fs检验)和错配分布研究结果表明，单倍型簇B、C和G存在群体扩张历史。较其他野羊，  Capra aegagrus  与家养山羊系统发育关系最为密切，并可能贡献于山羊A、B、C和F单倍群簇的驯化起源。本研究表明线粒体D_Loop单倍型B簇可能起源于中国或在山羊驯化早期已迁至中国，在中国西南地区山羊群体中两个未知的D_Loop单倍型簇的发现表明中国西南地区可能具有独特的山羊母系背景或驯化历史；  Capra aegagrus  是最可能的家养山羊野生祖先，并可能贡献于山羊A、B、C和F单倍群簇的驯化起源。
　　故而，本研究利用大样本量全世界山羊线粒体D_Loop序列数据集分析有助于更好的理解世界范围内山羊母系驯化起源及基因流动的历史变化，为进一步明确世界山羊群体迁徙的演变历史及种群系统发育定位提供了宝贵的理论依据。
　　论文链接：https://www.chinaagrisci.com/Jwk_zgnykxen/fileup/2095-3119/PDF/JIA-2021-0354.pdf
　　引用本文 >>>
　　GUO Yi, GONG Ying, HE Yong-meng, YANG Bai-gao, ZHANG Wei-yi, CHEN Bo-er, HUANG Yong-fu, ZHAO Yong-ju, ZHANG Dan-ping, MA Yue-hui, CHU Ming-xing, E Guang-xin. 2022. Investigation of Mitochondrial DNA genetic persity and phylogeny of goats worldwide.   Journal of Integrative Agriculture ,   in press.
　　Journal of Integrative Agriculture   (《农业科学学报》(英文), JIA) 由中华人民共和国农业农村部主管，中国农业  科学 院与中国农学会主办，中国农业科学院农业信息研究所承办。综合性英文学术期刊，月刊。创刊于2002年，主编为中国工程院院士万建民。JIA主要栏目有作物学、园艺、植物保护、动物科学、动物医学、资源环境、食品科学、农业经济与管理等，刊稿类型有综述、研究论文、简报以及评述等。全部论文在Elsevier-ScienceDirect (SD)平台OA出版。最新SCI影响因子2.848，位于SCI-JCR农业综合学科Q1区，中科院分区农林类期刊二区。2016年以来先后获得中国科协等部委 ＂提升计划＂＂登峰计划＂＂卓越计划＂项目支持 。