微藻的系统分类复杂，广泛分布在原核生物、真核生物、植物界，比如说多数的蓝藻属于原核生物，特性与细菌相近，可进行直接分裂，部分蓝藻含有真核植物的特点，体内含有光合系统II（PSII）和叶绿素A的光合色素系统，并能进行自生固氮；显微藻类属于真核生物，比如说部分的绿藻，含有光合色素，在细胞结构上与植物相似，几乎所有的绿藻都含有叶绿体、类囊体等，能通过光合作用进行固碳；部分可见藻类属于植物界，比如说红藻门中的石花菜、麒麟菜等，可以通过有性生殖进行繁殖，其化石被发现在晚古时代（距今约4亿年）。
　　微藻是地球上最古老的生物（蓝藻被发现在30亿年前，将地球由无氧环境变为有氧环境），也被称为先锋生物，其生物学特性多样、复杂，近些年世界范围内微藻的生物技术和生理学得到迅猛的发展，人们越来越重视微藻代谢产物的合成能力，特别是含氮（固氮）、含碳（固碳）化合物的合成转换机制，并应用到的实际生产中。在农业上微藻对根际微生态中的重要性吸引了越来越多的藻类学家、土壤学家、农学家、化学家乃至企业家的关注。

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