尔云间 一个专门做科研的团队 原创 eryun 云生信学生物信息学 请关注和转发支持我们 铜死亡从一经提出，立马火遍生信圈，现在仍然热度不减，循着铁死亡的发文轨迹，铜死亡中单基因分析、预后模型构建、肿瘤分型、单基因泛癌分析、非肿瘤诊断模型、非肿瘤疾病分型等思路相继出现··· 在这么多种思路的轮番攻势下，再想利用铜死亡发高分就要看疾病创新性（ps：有时候疾病选的好，发高分的可能性也很大哦！选一些小癌种或者没有做过铜死亡研究的非肿瘤疾病能达到事半功倍的效果，这个捷径，悄悄码住吧） 和思路创新性如何了~ ~ 不过在这种形势下，小云竟发现了一个初看有点反常的文章——8分+的FDX1的单基因泛癌分析，按说FDX1作为铜死亡中研究最早也是最多的基因，单基因分析即使是泛癌也不容易发到8分+啊。话说，事出反常必有妖，到底是内有乾坤还是水文一篇，咱们来一探究竟！ 不看不知道，一看吓一跳啊，朋友们！还真是内有乾坤，竟然是个王炸思路——集合了多组学泛癌分析 （ps：单基因做泛癌分析的不少，但能做到多组学分析的不多哦） 、单细胞数据分析和实验验证，就这思路创新性和内容丰富度，绝对名副其实的8分+！这个思路换个铜死亡基因，反手又是一篇高分文章 （ps：不过铜死亡关键基因目前有二十多个，也不算很多，很抢手的哦） ，下面该怎么做朋友们应该晓得了吧？ 题目： 铜死亡关键基因FDX1的多组学泛癌分析及其在肾透明细胞癌中的作用研究 杂志： Front. Immunol. 影响因子： IF=8.786 发表时间： 2022年12月 数据来源 研究思路 文章首先进行FDX1在转录、蛋白质、磷酸化和启动子甲基化水平的表达分析。然后在泛癌中进行FDX1的预后，免疫浸润，单细胞分析，肿瘤突变负荷(TMB)、微卫星不稳定性(MSI)、干细胞、肿瘤免疫功能障碍和排斥(TIDE)以及免疫治疗相关的分析。最后，通过肾透明细胞癌(KIRC)组织微阵列免疫组织化学评估FDX1蛋白表达，并通过在786-O细胞系中的体外实验，进一步探索了KIRC中FDX1的功能。 主要结果 1. FDX1在转录、蛋白质、磷酸化和启动子甲基化水平的表达分析 利用TCGA中的RNA-seq数据比较FDX1在33种肿瘤中在转录水平上的差异表达（图1B）。通过临床蛋白质组肿瘤分析联盟(CPTAC)中的蛋白质组学、磷酸化组学数据和DNA甲基化数据来比较FDX1在肿瘤和正常组织之间蛋白质（图1C）和磷酸化水平（图1D）上的表达以及启动子甲基化情况（图1A）。 图1 FDX1在转录、蛋白质、磷酸化和启动子甲基化水平的表达分析 2. FDX1与预后、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和干性的相关性分析 在LGG和KIRC根据FDX1表达的50%截断分组，KM曲线比较FDX1高/低表达之间的预后（图2C, D）。随后在泛癌水平分析了FDX1表达与TMB、MSI和stemness的相关性（图2E-G）。 图2 FDX1的生存分析以及与TMB、MSI和干性的相关性分析 3. FDX1与免疫浸润及免疫治疗反应的相关性分析 利用TIMER2.0 中的EPIC、MCPcounter、quanTIseq、CIBERSORT-ABS、xCELL和TIMER等算法分析FDX1在33个肿瘤中的免疫浸润情况（图3A）。随后在泛癌水平分析了FDX1和CD274 (PD-L1) 的表达相关性（图3B）。在泛癌水平利用TIDE算法预测FDX1高低组间的ICB响应（图3C）。在免疫治疗队列中利用KM生存曲线分析FDX1高低组间的预后（图3D, E）。 图3 免疫浸润分析与免疫治疗反应预测 4. FDX1的单细胞分析和GSEA分析 基于单细胞数据库TISCH，分析FDX1在泛癌水平不同细胞中的表达（图4A）以及在GBM中的分布（图4B）。在10种癌症类型中对FDX1高低表达组进行差异基因分析（图5A），并针对差异基因进行GSEA富集分析（图5B） 图4 FDX1的单细胞分析 图5 GSEA分析 5. FDX1的表达和功能验证 通过肾透明细胞癌(KIRC)组织微阵列免疫组织化学评估FDX1蛋白表达（图6A）。通过在786-O细胞系中的体外干扰FDX1（图6B, C），探索了KIRC中FDX1促进铜死亡的功能（图6D）。 图6 FDX1的表达和功能验证 文章小结 这个文章分析思路的亮点就是集合了多组学泛癌分析、单细胞分析和实验验证。单基因泛癌分析本身属于常规分析，但加上多组学内容立马亮眼起来。还有利用单细胞数据库进行单基因单细胞分析，不需再去费劲找公共数据集，不需二次分析，一个数据库全搞定！再加上表达和功能验证实验，思路创新+干湿结合=王炸！这个思路赶快学起来，换个铜死亡关键基因即可复现！ 小云有话说 小云持续为大家带来最新生信思路，更多铜死亡等创新性分析思路请点击往期链接。更多创新性思路欢迎直接call小云，云生信团队竭诚为您的科研助力！ 思路推荐： 1. 最新9分+＂铜死亡＂生信思路强势升级！傍上＂RNA甲基化＂分析双热点的预后模型，带你轻松冲高分！屡试不爽~ 2. 想发高分只分析铜死亡还不够？细胞死亡大军来袭！基于12种细胞死亡模式基因构建预后模型，13分+生信文章轻松收入囊中 3. 8分+Frontiers纯生信这么简单你敢信？失巢凋亡lncRNA预后模型+肿瘤分型就能做到，学起来，换个癌种直接复现！ 4. 112分Nature综述加持的＂TRP通道＂相关生信文章频发！！8分+模板思路送上，附带TRP通道基因集，直接拿去复现！ 5. 别再只盯着铜死亡了！超赞的＂铜代谢＂8分+生信思路来袭，附带＂铜代谢＂基因集，换个癌种/非肿瘤疾病即可轻松复现！！
沙特超1十人艾卜哈北京时间3月19日凌晨1点30分，202223赛季沙特足球超级联赛第21轮，利雅得胜利坐镇主场迎战艾卜哈。上半场，客队的阿达姆打破僵局下半场，C罗任意球破门扳平比分，艾卜哈的萨米两1。96亿，恭喜76人！哈登生涯终遇强援，这一次你没理由遭到忽视客场大胜黄蜂之后，76人再次取得了一波7连胜，他们的连胜是目前联盟现存最长的连胜。凭借着这一波长连胜，虽然76人依旧还只排在东部第3的位置，不过他们已经彻底拉开了和东部第4的差距，破案了！金姓国脚落网，打假球细节曝光，定好比分拉门将后卫配合众所周知，中国足坛反腐扫黑迎来重大突破，调查部门在多地同时展开收网行动，多名在中超中甲联赛踢球的球员，案发落网被带走。虽然官方没有通报相关的案情，但从媒体人的接连爆料得知，这些被带郭艾伦对不起，我们差点害了你！头条创作挑战赛郭艾伦对不起，我们差点害了你！郭艾伦全国球迷的偶像！因为喜欢，所以球迷就爱替人家瞎操心！对于终身大事，全国球迷更是上心。2月份的时候，女篮明星赛，李梦虽然没能如愿以偿太解气了！全英赛半决赛国羽暂收获3胜1负雅思雨菲宇奇均获胜！北京时间今天凌晨，全英羽毛球公开赛半决赛继续进行。在上午时段结束的半决赛中，中国队一共收获3场胜利和一场失利，成为最大赢家！混双半决赛，世界第一郑思维黄雅琼在与印尼组合的交锋中大满一黑到底！国乒23岁小将杀进决赛，与孙颖莎争冠，樊振东决战马龙3月18日，WTT新加坡大满贯继续进行，在单打半决赛中，国乒直板女将钱天一一黑到底，41击败队友张瑞，闯进决赛，与孙颖莎争夺金牌。此次大满贯赛，钱天一凭借外卡拿到资格，一路走来，击WTT大满贯19日决赛赛程！孙颖莎VS钱天一，马龙VS樊振东北京时间3月18日，2023年WTT新加坡大满贯赛结束了正赛第8个比赛日的争夺。该比赛日，进行了男女单打的半决赛，以及男女双打的决赛，决出了男女双打的冠亚军，以及男女单打的决赛名单最新通知停售！涨价！网友快乐没了17日上午，上海迪士尼乐园年卡小程序发布通知为了更好地管理客流和保障乐园内游客体验，自今年3月17日上午8时起，上海迪士尼度假区将在各销售渠道暂停发售上海迪士尼乐园年卡，包括无限钻2012年，湖南23岁女孩不顾世俗眼光嫁给68岁老人，如今怎么样了？2014年1月16日，登上鲁豫有约的一对嘉宾引起了公众的广泛讨论。这期节目邀请的是一位25岁的湖南姑娘，令人感到震惊的是，她的丈夫竟然是一位和自己相差了整整45岁的老人！人们在感到95后河南女孩冯双双谁给40万救我父亲就嫁谁，真的嫁了吗？历史开讲阅读此文前，诚邀您点击一下关注，既方便您进行讨论与分享，又给您带来不一样的参与感，感谢您的支持！如果亲爱的家人突然重病，更需要大量的资金去对家人进行救助，此时的你会怎么做？提升全社会网络法治意识和素养原标题提升全社会网络法治意识和素养（主题）推动互联网在法治轨道上健康运行（副题）2022全国互联网法律法规知识云大赛吸引超220万人报名参赛，竞赛访问量逾1。64亿广泛发动网民进行