肾上皮细胞单细胞亚群

　　肾癌单细胞数据集也有十多个了，拿到表达量矩阵后的第一层次降维聚类分群通常是：immune（CD45，PTPRC），epithelialcancer（EpCAM，EPCAM），stromal（CD10，MME，fiboorCD31，PECAM1，endo）
　　参考我前面介绍过CNS图表复现08肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则，这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境的复杂。比如GenomeBiology（2022）的文章《DecodingthemulticellularecosystemofvenacavaltumorthrombusinclearcellrenalcellcarcinomabysinglecellRNAsequencing》，就是如此：
　　第一层次降维聚类分群
　　绝大部分文章都是抓住免疫细胞亚群进行细分，包括淋巴系（T，B，NK细胞）和髓系（单核，树突，巨噬，粒细胞）的两大类作为第二次细分亚群。但是也有不少文章是抓住stromal里面的fibo和endo进行细分，并且编造生物学故事的。
　　反而是上皮细胞，大家很少涉及到，但是肾癌既然是来源于肾这样的组织，它的上皮细胞就不可能是一个纯粹的上皮，理论上是可以细分的。上面的这个文章其实也接下来部分细分，如下所示：
　　上皮细胞的部分细分
　　但是还远远不够，我参考两个肾脏单细胞文章整理了一下基因列表，希望对你有帮助。
　　首先是2019的一篇PNAS文章：《Thesinglecelltranscriptomiclandscapeofearlyhumandiabeticnephropathy》如下所示：
　　2019的一篇PNAS文章
　　然后是2021的NC的文章：《Singlecelltranscriptionalandchromatinaccessibilityprofilingredefinecellularheterogeneityintheadulthumankidney》，如下所示：
　　2021的NC的文章
　　有了这两个文章的基因列表，很容易写代码给其它肾脏相关疾病单细胞转录组项目进行实战：cg1c（SLC34A1，LRP2，HAVCR1，CFH，SLC12A1，SLC12A3，SLC8A1，AQP2，SLC26A7，SLC26A4，NPHS2，EMCN，PIEZO2，COL1A2，PTPRC）pDotPlot（sce。all，featuresunique（cg1），assayRNA）coordflip（）pggsave（checkGSE151302markers。pdf）cg2c（CUBN，LRP2，SLC34A1，SLC5A12，SLC5A2，ALDOB，CFH，SLC12A1，SLC12A3，SLC12A2，SLC8A1，AQP2，AQP6，SLC26A4，ATP6V0D2，NPHS1，NPHS2，PECAM1，FLT1，PDGFRB，PTPRC）pDotPlot（sce。all，featuresunique（cg2），assayRNA）coordflip（）pggsave（checkGSE131882markers。pdf）