地球是不是球形？地球在不在运动？这些我们现在看起来很简单的问题，对于古人却是相当困难。苏轼有诗：不识庐山真面目，只缘身在此山中。假如古人能登上宇宙飞船，在太空观察地球，那么地球的形状就一览无遗了。但是古人被困于地表，因此只能通过船帆逐渐显现等的现象来推断。假如能从太阳系以外观察记录一段时间地球和各行星的运行情况，那么地心还是日心也就不证自明了。可是那时候根本做不到，也就只能提出假设，再通过观察来验证。
　　生物学现在研究的主流方法仍然是黑箱原理和控制变量法，假如有这样一台摄像机能够拍下细胞内部的化学反应过程，很多问题都可以直接被解决，但可惜我们现在没有这样的仪器，因此只能用控制变量法这种低效模糊不准确的方法，比如在细菌培养基中加入某种物质，和不加入这种物质的细菌（对照组）进行比较，得出这种物质的最终效果，再借助以往的理论来做出推测性的解释。
　　哲学上的唯心唯物之争延续至今也没有解决。因为要想彻底驳倒唯心论icon，就要求人证明物质是真实的，可是人必须要通过感官来认识世界，而感官又是有局限性的，因此不能保证物质的真实，即使依靠理性也必须借助感官来认识世界，没有纯粹的理性。假如某个人其实只是缸中之脑或者被困于矩阵之中，那么他就会把感受到的虚拟世界当成我们的＂真实的＂物质世界。可是谁又能保证我们的物质世界不是虚拟的呢？柏拉图icon认为的永恒不变的存在-理念世界是否真的存在？假如用剃刀原理，谁又能保证奥卡姆剃刀原理的真实性呢？困在意识和物质这一对矛盾之中，怎么可能认清世界的真相呢？怎么可能识别出谁才是本原？科学的发展也仅仅是使人感觉唯物论更正确，是完善了唯物论，但是根本没有触及矛盾本质。

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