PCR实验室可开展的检验项目介绍

　　PCR实验室又叫基因扩增实验室，PCR是聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction)的简称。是一种分子生物学技术，用于放大特定的DNA片段，可看作生物体外的特殊DNA复制。通过DNA基因追踪系统，能迅速掌握患者体内的病毒含量，其精确度高达纳米级别。
　　在新冠疫情之前，大多数PCR实验室集中在大型三级甲等医院，因其建设成本高、人员素质要求高，实验室运营成本高，常规检测样本量少等特点，很多二级医院并没有建设。
　　在国家政策和疫情发展的推动下，各地二级及以上医疗机构都已经建立独立合规的PCR实验室，实验室人员经过2年多疫情的＂锤炼＂，也已经初步具备了符合岗位要求的素质。
　　新冠疫情终会结束，除了新冠核酸检测，＂遍地开花＂的PCR实验室还能做些什么呢？本文为大家整理介绍PCR实验室可开展的检验项目。
　　一、感染性疾病分子检验项目
　　1.乙肝病毒核酸检测
　　利用实时荧光定量PCR以定量检测HBV DNA，从而对HBV感染做出快速早期诊断。用于HBV感染的辅助诊断和乙型肝炎患者药物治疗的疗效监控。
　　2.乙肝病毒基因分型检测
　　国内HBV基因型中约60%为C型基因，30%为B型基因。应用PCR结合Taqman技术，检测B/C型HBV特异性DNA核酸片段。可以结合临床表现和其它实验室检测指标对患者病情进行评价。
　　3.丙肝病毒核酸检测
　　利用实时荧光定量 PCR 检测技术，通过荧光信号的变化实现 HCV RNA 的定量检测。用于HCV感染的辅助诊断和丙型肝炎患者药物治疗的疗效监控。
　　4.丙肝病毒基因分型
　　应用PCR结合Taqman技术，对1b型、2a型HCV的特异性RNA核酸片段进行检测。可以对标本进行HCV的基因分型，结合临床表现和其它实验室检测指标对患者病情进行评价。
　　5.结核分枝杆菌DNA定量检测
　　应用PCR结合Taqman技术，对TB的特异性DNA核酸片段进行荧光检测，从而对TB感染做出快速早期诊断。用于TB感染的辅助诊断和药物治疗的疗效监控。
　　6.EB病毒DNA定量检测
　　应用PCR结合Taqman技术，采用EBV特异性引物探针，对EBV DNA进行荧光PCR检测。用于EBV感染的辅助诊断和其它感染患者药物治疗的疗效监控。
　　7.巨细胞病毒DNA定量检测
　　应用PCR结合Taqman技术，对CMV特异性DNA核酸片段进行荧光检测，从而对CMV感染做出快速早期诊断。用于CMV感染的辅助诊断和药物治疗的疗效监控。
　　8.单纯疱疹病毒DNA定量检测
　　应用PCR结合Taqman技术，采用HSV特异性引物探针，分别对HSV 1型和2型的特异性DNA核酸片段进行荧光PCR分型检测，从而对HSV感染做出快速早期诊断。用于HSV感染的辅助诊断和药物治疗的疗效监控。
　　9.肺炎支/衣原体DNA定量检测
　　应用PCR结合Taqman技术，对MP和CP的特异性DNA核酸片段同时进行荧光PCR检测，从而对MP、CP感染做出快速早期诊断。用于MP、CP感染的辅助诊断和药物治疗的疗效监控。
　　10.淋球菌核酸检测
　　淋球菌核酸检测分为核酸提取和恒温扩增。适用于定性检测男性尿道拭子标本、女性宫颈拭子标本中的淋球菌RNA。检测结果可用于淋球菌感染的辅助诊断，为性病的早期诊断以及性病高危人群的初筛提供分子诊断依据。
　　11.沙眼衣原体核酸检测
　　沙眼衣原体核酸检测分为核酸提取和恒温扩增。检测结果可用于沙眼衣原体感染的辅助诊断，为患者的早期诊断以及性病高危人群的初筛提供分子诊断依据。
　　12.解脲脲原体核酸检测
　　解脲脲原体核酸检测分为核酸提取和恒温扩增。适用于定性检测男性尿道拭子标本、女性宫颈拭子标本中的解脲脲原体RNA。检测结果可用于解脲脲原体感染的辅助诊断，为性病的早期诊断以及性病高危人群的初筛提供分子诊断依据。
　　13.人乳头瘤病毒核酸检测
　　采用PCR结合荧光探针的体外扩增和检测技术，对不同型别人乳头瘤病毒基因型进行分型检测。可以快速准确诊断临床尖锐湿疣体表面脱落细胞，妇女宫颈细胞及宫颈黏液标本中的HPV DNA。可作为临床可疑尖锐湿疣确诊，宫颈癌病因确定，早期确诊，治疗效果监测的诊断依据。
　　14.人类免疫缺陷病毒核酸定性检测
　　采用一步法RT-PCR体系结合荧光探针的体外扩增和检测技术。诊断＜18个月龄婴儿早期感染；诊断急性HIV-1感染。确定艾滋病病毒感染。
　　15.人类免疫缺陷病毒核酸定量检测
　　应用RT-PCR技术结合荧光探针检测技术。可用于检测抗病毒药物治疗效果；监测疾病进展；诊断急性HIV-1感染；确定HIV-1感染。
　　16.B族链球菌核酸检测
　　利用实时定量PCR技术结合Taqman探针检测标本中的GBS DNA，从而对GBS感染做出快速早期诊断。
　　GBS为兼性厌氧的革兰阳性链球菌，正常妇女带菌率达30%左右，属于条件致病菌，孕妇可感染并通过产道传播给新生儿，是目前引发新生儿感染最主要的致病菌之一。
　　二、遗传性疾病分子检验项目
　　1.Y染色体微缺失检测
　　本项目常规检测的适应证包括：男性不育症患者选择单精子卵泡浆内注射或体外受精生育子代前、非梗阻性无精子症患者、严重少精子症患者、男性不育症患者手术前、原因不明的男性不育症患者用药前、无精子症患者进行睾丸活检前。
　　推荐检测的适应证包括：少精子症患者、精子密度正常但原因不明的男性不育症患者、男性不育伴隐睾和（或）精索静脉曲张的患者、不明原因习惯性流产患者。
　　2.苯丙氨酸羟化酶基因突变检测
　　采用PCR扩增和基因测序方法检测PAH基因突变。对PAH基因突变进行分析诊断，通过对先证者及其家系的研究，确定致病基因的突变或与致病基因连锁的多态标记，从而进行直接或间接的诊断，确认突变，查出携带者。可以在PKU症状出现前确诊患者，及时采取治疗措施。
　　3.遗传性耳聋基因检测
　　采用探针特异性PCR技术，检测人外周血中耳聋相关基因等位点的基因突变，用于临床非综合征耳聋（听力损失）人群的病因辅助诊断以及非听力损失人群耳聋基因携带者的检测。
　　4.遗传性药物性耳聋基因检测
　　通过定性检测人线粒体基因组中与药物性耳聋相关的突变，以辅助临床诊断及高危人群的筛查和用药指导，也可用于流行病学的调查及产前筛查、新生儿产筛领域。
　　5.地中海贫血基因检测
　　采用人外周血标本检测中国人常见的3种缺失型α-地中海贫血、2种突变型α-地中海贫血和11种突变型β-地中海贫血。可以对高发区中携带地中海贫血基因人群进行辅助诊断，对婚前、孕期或产前夫妇双方进行检查，以防止重症地中海贫血患儿的出生，提高人口素质。
　　三、二代测序检验项目
　　1.BRCA基因突变检测
　　BRCA是重要的抑癌基因，包括BRCA1和BRCA2。BRCA1/2基因是评估乳腺癌、卵巢癌和其他相关癌症发病风险的重要生物标志物，也是影响患者个体化治疗方案选择的生物标志物。
　　对相关肿瘤患者血液和（或）肿瘤组织进行BRCA突变检测将有助于更好地判断预后、选择靶向药物、选择化疗方案、在适当的条件下对家族遗传史患者亲属的患病风险进行评估，帮助医师根据患者的基因状态来选取更精准的治疗方案。
　　2.肺癌个性化基因检测
　　对于希望接受靶向治疗或了解耐药机制的晚期肺癌患者可采用针对性的肺癌NGS检测，覆盖多个肺癌靶向治疗相关基因，对于肺癌的精准和分层诊断、靶向药物的选择等都具有重要临床指导意义。
　　3.乳腺癌基因突变检测
　　对乳腺癌患者血液和（或）肿瘤组织进行基因突变检测将有助于更好地判断预后、选择靶向药物、选择化疗方案、在适当的条件下对家族遗传史患者亲属的患病风险进行评估，帮助医师根据患者的基因状态来选取更精准的治疗方案。
　　4.BRAF-V600E基因突变检测
　　B-RAF突变的预测作用已明确，BRAF-V600E基因突变可导致部分KRAS基因野生型患者对EGFR-TK1及内皮生长因子受体单克隆抗体药物治疗不敏感，因此检测肿瘤患者B-RAF基因突变情况可用于指导靶向药物的使用。
　　5.实体肿瘤相关基因检测
　　通过杂交捕获法对肿瘤基因序列进行富集，然后通过测序平台进行高通量测序。通过检测肿瘤相关的基因热点区域信息，分析这些基因的突变特征，根据患者的个体差异化，结合药物基因组学相关信息，辅助临床医生为癌症患者选择合适的治疗药物，制定完善的个体化治疗方案。
　　四、药物敏感性相关分子检验项目
　　1.结核分枝杆菌耐药基因多态性检测
　　利用实时定量PCR仪的不对称PCR扩增技术，检测对利福平和异烟肼耐药的结核分枝杆菌基因突变。全球范围内结核分枝杆菌耐药率不断上升，对药物疗效及结核病流行产生很大影响，检测结合分枝杆菌耐药基因多态性对结核病的治疗有重要意义。
　　2.万古霉素耐药基因检测
　　采用实时PCR技术对耐万古霉素肠球菌进行核酸扩增和靶序列检测。指导临床调整抗生素治疗方案；快速筛查，以便于早期发现医院内感染性病原体感染者和携带者，及时采取相应干预措施，避免医院感染的传播和暴发。
　　3.耐甲氧西林金黄色葡萄球菌耐药基因检测
　　采用实时PCR技术对MRSA进行核酸扩增和靶序列检测。用于指导临床调整抗生素治疗方案；早期发现医院内感染性病原体感染者和携带者，及时采取相应干预措施，避免医院感染的传播和暴发。
　　需要明确的是，实验室项目的开展与实际的临床需求紧密相关。未来大量中基层医疗机构的PCR实验室如何利用起来，是实验室管理者需要考量的问题。
　　另外，本文没有罗列到的，PCR实验室还能开展哪些检验项目，欢迎大家在评论区一起探讨。
　　参考文献
　　1.周庭银，王华梁，沈佐君等.分子诊断标准化操作流程.上海：上海科学技术出版社.
　　2.基于下一代测序技术的BRCA基因检测流程中国专家共识.中华病理学杂志,2018,47(6) :401-406.