虽然广东医科大学是广东省属重点建设大学，而广州医科大学是广州市属重点大学，但综合比较广州医科大学实力更强。
　　从历史沿革看，两所大学均创建于1958年，广东医科大学前身是湛江医学院，1992年更名为广东医学院。广州医科大学原名广州医学院，2013年经教育部批准更名为广州医科大学。
　　从地理位置看，广东医科大学由湛江校区和东莞校区两部分组成，湛江和东莞均为地级市。广州医科大学有番禺、越秀两个校区，处于一线城市广州核心区域。
　　从办学规模、层次和水平看，广东医科大学开办普通本科专业25个；有教职工近1900人，而广州医科大学除设22个学院外，还有7所直属医院和11所非直属附属医院，有教职工7500人。虽然两所大学均有博士、硕士学位授予权，但广州医科大学有5个学科进入ESI排名全球前1；有2个一级学科博士点，8个一级学科硕士点。
　　作为医科大学，临床实习是非常重要的教学内容，需要一些高水平医院的协作支撑，广州医科大学在这方面无疑具有得天独厚的优势。结合全国医科类大学排名，广州医科大学为4星级中国高水平大学，排第16位，广东医科大学为2星级区域高水平大学，排第49位。
　　近年高考录取分数也可说明：广东医科大学广东、江西、安徽3省2019年、2020年一本最低录取分数分别为472、500，572、587，565、596；而广州医科大学三个省2019年、2020年最低录取分数分别为519、539，590、600，577、606。多数省份广州医科大学录取分数高于广东医科大学。

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