历经康雍乾三代帝王努力，准噶尔汗国不复存在，天山南北再次纳入中央政府管辖。但是，这块土地并没有就此安宁。 在肃清两和卓余孽的过程中，清廷却漏掉了大和卓之子萨木萨克。乾隆得知浩罕汗国境内居然有和卓后裔，严令新疆官员严厉打击与和卓后裔的勾结活动。但嘉庆帝掌握实权后，放松了严防死守的政策。萨木萨克身死后，他的儿子张格尔，在浩罕国支持下率领党羽窜入清朝境内。 当时是一八二 年，嘉庆尸骨未寒，道光皇帝在接到新疆乌什办事大臣巴哈布奏报后，并没有予以更多关注。一个多月后，喀什参赞大臣斌静又奏报，萨木萨克之子张格尔在南疆作乱 ，道光皇帝下令严打，张格尔党羽大部分被擒杀，但张格尔本人却逃回浩罕国，伺机再起。 四年之后，张格尔和他的弟弟巴布顶再次纠集匪徒作乱，被清军阻击，死伤惨重。清军在搜捕张格尔过程中，残杀了一批柯尔克孜牧民，张格尔趁机以发动＂圣战＂为名，笼络到了一批柯尔克孜人。 道光六年，即公元1826年，张格尔纠集起五百余名柯尔克孜、乌兹别克人，突袭并占领南疆的阿图什。喀什参赞大臣庆祥得知，急遣兵围剿，尽管斩杀了四百人，仍然没有遏止叛乱。因为张格尔利用＂圣战＂的名号，煽动起喀什附近十数万维吾尔民众。 六月二十五日，绝望的庆祥向京师发出最后一份奏报。 围困喀什的张格尔清廷增援部队赶来，向浩罕国王伊列汗许诺，愿以喀什城换取其出兵帮助。浩罕国王毫不犹豫出兵一万表示支持。 九月，喀什城破，庆祥自杀身亡。此后，英吉沙尔、莎车和和阗沦陷。在英国人的暗中支持下，张格尔更加有恃无恐，纵容浩罕和手下党徒大肆烧杀南疆四城。 话分两头。接到庆祥的奏报后，道光帝急令伊犁将军长龄、陕甘总督杨遇春、宁夏将军格布舍、吉林将军富俊、黑龙江将军禄成出兵围剿。 阿克苏作为＂回疆适中之地＂，始终没有被攻陷。各路清军陆续集结于此后，对叛军形成了钳制的态势。但是阿克苏城小郭狭，无法解决大军后勤供应。当地头面人物伊萨克动员两千民众去往伊犁，然后每人背着五十斤粮食翻越天山，把军粮背到了阿克苏。 次年三月，清军主力两万余人出兵南疆四城，首战拿下巴楚县。此后，杨遇春又击败张格尔主力。不甘心失败的张格尔又集合起数万人与清军对战。结果又是一触即溃，失败的张格尔逃到疏勒县。清军尾随其后，又消灭五万人。张格尔再次凑了四万多人死守喀什附近的阿瓦提，结果被杨遇春一个迂回穿插消灭了三万多人。 像一个输红了眼的赌徒，张格尔又纠集起六万乌合之众，准备在疏勒县与清军决一死战。杨遇春还是没有与之正面接战，而是趁着夜色强渡疏勒河，然后才发起攻势。此次，清军斩杀近五万人，张格尔仅仅带领着手下三百人狼狈逃窜。四月二十四日，南疆四城全部为清军所收复。 但对这样的战绩，道光帝却十分不满，因为首犯张格尔的逃掉了。他传谕伊犁将军长龄必须抓到此人。 接到皇帝命令，长龄哪敢大意，采取了明察暗访、贴悬赏通告、设卡搜捕等各种能想到的手段，都没有探知张格尔下落。就在他急得团团转时，阿克苏的伊萨克顺利收买了张格尔的岳父塔伊拉克，获得了张格尔的情况，伊萨克将此告知长龄。 长龄这才知道，张格尔正流亡于阿赖岭。为了引蛇出洞，长龄命人四处传播这样一个小道消息：清军已撤出喀什，城内空虚，南疆的维吾尔族百姓盼着张格尔回来。 饱受流亡之苦的张格尔决定再赌一把，率领六百多人试图进攻阿图什。发现上当以后，准备逃到乌兹别克境内。长龄当然不答应，派出杨芳、伊萨克二人紧追不舍。最终，张格尔被伊萨克生擒。 长龄大喜，八百里加急将此讯息报知道光。二十二天后，道光帝接到捷报，当场给送信士兵＂赏戴花翎＂，接着对平叛将领论功行赏。 一八二八年五月十日，张格尔押送至京城。两天后，午门举行了盛大的受俘仪式。又过了两天，道光帝下令将其凌迟处死，其心肺交于庆祥之子文祥，用于祭拜殉国的忠臣。 张格尔之乱的余波仍在继续。 鉴于浩罕国支持过张格尔作乱，清廷一度断绝了茶叶、大黄贸易，将浩罕国商人驱逐出境。浩罕国统治者十分不满，怂恿张格尔之兄玉素甫作乱。 一八三 年七月，玉素甫领着浩罕军队侵入清朝边境。尽管叛乱最终平定，但沿途各城已遭到严重破坏，另有一万两千百姓被浩罕人掳掠。 此乱之后，浩罕国的狼子野心已是昭然若揭，伊犁将军上奏道光，愿领精兵，直捣浩罕。一直主张严打的道光却放弃了主动出击，因为此时国力远不如乾隆时期，平定张格尔已经是举国之力，清廷实在拿不出钱了。 不得已之下，道光答应了浩罕国的＂请求＂：重开商贸，免除浩罕国商税，归还浩罕商人财物，准许浩罕在南疆征税，赦免张格尔余党。 清廷的绥靖政策，充分暴露了对新疆控制的软弱无力，浩罕国王更加得寸进尺，张格尔余党也在随时卷土重来。 1847年，浩罕人又怂恿张格尔的子侄们进入新疆煽动叛乱，史称＂七和卓之乱＂。清廷从伊犁和陕甘调兵，将叛军击溃。 1852年，张格尔外甥铁完库里领头作乱，被击溃。 1857年，张格尔侄子倭里罕作乱，旋即被镇压。 新疆的乱局，让清朝统治者焦头烂额。太平天国与第二次鸦片战争更是让清廷无力顾及新疆。 一八六四年四月，库车发生动乱。此后，喀什、和田、乌鲁木齐、伊犁相继有人举兵作乱。浩罕国军事头目阿古柏入侵南疆，建立哲的沙尔汗国（七城汗国）将，张格尔儿子布素鲁克推上汗位。此后，两人发生权力之争，阿古柏杀死布素鲁克，自立＂洪福汗＂。除了哈密，巴里坤少数地区，新疆不复为中华所有。