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NatureGeorgeChurch团队改造可防止任何已知病毒感染的大肠杆菌

  3 月 15 日,  Nature   报道了一项突破性的进展,George Church 团队设计了一种不会被 任何已知病毒 感染的大肠杆菌菌株,并 首次 开发一种内置的安全措施,防止修改后的遗传物质逃逸到自然生态系统。相关文章题为 "A swapped genetic code prevents viral infections and gene transfer"。
  (来源:  Nature  )
  "我们不能说它完全抗病毒,但到目前为止,根据广泛的实验室实验和计算分析,我们还没有找到可以破坏它的病毒。" 文章第一作者 Akos Nyerges 表示。
  文章中指出,"这项研究可能会提供一个 通用策略 ,使 任何生物体对多种或所有的自然病毒产生抗性 ,并防止遗传信息流入和流出转基因生物体。"
  "我们期望这一结果将对开放环境中安全使用转基因生物产生影响。"
  交换遗传密码,错译病毒蛋白
  去年 10 月,剑桥大学团队在   Science   上发表了 "旨在获得一种安全的抗病毒细菌" 的研究成果,其对大肠杆菌进行基因重编程,将天然存在的 64 组密码子减少为 61 组密码子,删除了对应 丝氨酸 的两组密码子 TCG 和 TCA(自然状态下共有六组对应丝氨酸的密码子),还移除了相应的 tRNAs,试图以此打乱病毒入侵后的自我复制。
  (来源:  Science  )
  根据设想,缺失的密码子会让病毒无法按需制造蛋白质,从而达到抗病毒的效果。
  不过,Akos Nyerges 等人发现了其中的漏洞,一些病毒会引入它们自己的 tRNAs 来绕过丢失的密码子,仍然能够完成自我复制。
  这一结果说明,仅仅删除密码子是不够的。
  既然 "删除" 不行,那就让它 " 错译 "。
  George Church 团队在其位置添加了新的 tRNAs,让本来对应丝氨酸的密码子 TCG 和 TCA 翻译为亮氨酸,亮氨酸是一种在物理化学性质上与天然丝氨酸不同的氨基酸。
  图丨氨基酸交换的遗传密码提供了多种病毒抗性。a,改良后的大肠杆菌中 TCA 和 TCG 密码子重新分配给亮氨酸。b, 工程大肠杆菌病毒感染示意图(来源:  Nature  )
  这样一来,当病毒注入自己的遗传密码时,其中的 TCG 和 TCA 就会被错误翻译,无法达成劫持细胞的目的。
  当然,病毒也配备了自己的 tRNAs,仍然可以准确地将 TCG 和 TCA 转化为丝氨酸。但研究人员提供的证据表明,他们引入的 tRNAs 可以战胜病毒对应物。
  研究人员表示,通过证明有效的丝氨酸到亮氨酸的重配,这项研究使 生物遏制 在基因、操作子和整个染色体水平上成为可能。
  " 虽然这项工作可能使细菌对所有病毒免疫,但仍有可能出现可以破坏保护的东西。 然而,克服交换密码子需要病毒同时产生数十种特定突变,这对于自然进化来说是非常非常不可能的。"
  两项保障措施,防止基因逃逸
  研究还证明,交换遗传密码在防止病毒复制的同时,还能避免合成遗传信息逃逸到其他生物中。
  这项工作 包含两个独立的保障措施。
  第一个保障措施防止基因水平转移。基因水平转移又称水平基因克隆或基因侧向转移,指生物将遗传物质传递给其他细胞而非其子代的过程,例如:接合、转导及转化。
  在改良的大肠杆菌中,研究人员利用引入的 tRNAs 让 TCG 或 TCA 全部改为对应亮氨酸。如果另一种生物将任何经过修饰的片段整合到自己的基因组中,该生物的天然 tRNAs 会将 TCG 和 TCA 恢复为对应丝氨酸,最终得到没有任何进化优势的垃圾蛋白。
  图丨将合成的遗传信息加入到 TCR 密码子编码亮氨酸的遗传密码中,可以防止基因水平转移(来源:  Nature  )
  对于第二个故障安全措施,研究小组设计了细菌本身,使其无法在受控环境之外生存,方法是使大肠杆菌依赖于一种实验室制造的氨基酸,这种氨基酸在自然环境中不存在。
  总的来说,这项研究实现了 前所未有的基因转移抗性 ,证明交换生物体的遗传密码是可能的。
  作者也指出了这项工作的 潜在局限性 ,包括采样的病毒多样性和病毒抗性检测无法对病毒的多步骤、长期进化过程进行采样。
  目前,适应性实验室进化大大提高了具有改变遗传密码的生物体的 倍增 时间,可以帮助改良的大肠杆菌向工业应用方向发展。
  作者还表示期待 探索密码子重编程 ,将其作为 诱导细菌生产医用合成材料 的工具,以替代昂贵的化学反应。
  更多的应用展望还包括,可以利用这一策略防止生物修复过程中的转基因释放,为 用于碳封存的工程光自养菌的开放培养提供控制 ;以及实现 安全的微生物工程 和 疫苗生产。
  参考链接:
  1.https://www.nature.com/articles/s41586-023-05824-z
  2.https://www.science.org/doi/10.1126/science.add8943

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