生物信息学软件（生物软件，会用这个就够了）

　　生物信息学软件（生物软件，会用这个就够了）Geneious是一款综合性的生物信息学软件，用于分析和处理生物信息学数据，支持序列对比和系统学分析、引物设计、克隆和限制性分析、使用NCBI和EMBL,、BLAST、蛋白质结构查看、自动化医学搜索等功能。
　　下载安装
　　下载地址http://geneious.com/download包括Windows, Mac, and Linux版本。需要Java程序的支持。
　　Geneious主窗口
　　包括四个界面，来源面板，文件列表，文件视图与帮助面板。
　　数据来源面板
　　显示了保存的文件与提供的服务。可以查看自己的文件，进入NCBI（Gene, Genome, Nucleotide, PopSet, Protein, Pubmed, SNP, Structure and Taxonomy等数据库），进入EMBL（Uniprot.数据库），共享自己的数据库（需要安装），查看同事的数据库（需要安装）。
　　文件列表
　　显示了文件夹内各种类型的文件。点击文件在下面窗口可以看到内容，对类型相似的文件可以多选，共同查看。双击可以查看具体内容。可任意排序、调整。
　　文件视图
　　可以查看序列，比对，树，3D结构，文章摘要等。
　　会有以上几个选项，分别是分享、分屏浏览、充满窗口、新窗口、帮助。
　　帮助窗口
　　会显示实时帮助
　　工具条
　　具有许多功能，右键可以自定义
　　功能条
　　文件栏
　　新建文件夹、重命名文件夹、改变文件夹颜色、移动文件夹、删除、清除、恢复、全部清除、保存、另存为、下载、停止下载、备份文件、恢复备份、输出、导入、打印、保存为图像、退出
　　编辑栏
　　撤销、恢复、剪切、复制、黏贴、黏贴（去注释）、黏贴反向互补序列、删除、全选、标注已读文件、标注未读文件、设定文件夹颜色、在文件中查找、查找上一项、查找下一项、查找重复、批量重命名、移至下一处不一致、移动到碱基
　　视图栏
　　后退、前进、历史、搜索、代理人（自动搜索科研进展）、下一个未读文件、显示选项、在新窗口打开文件、扩大视图、横向分屏、纵向分屏、文件窗口。
　　工具栏
　　比对、拼接、建树、引物、克隆、BLAST、添加/删除数据库、物种分类、16s多样性、提取注释、提取Mauve比对区域、移除比对列、连接序列或比对、提取一致序列（针对比对）、工作流程、插件、参数
　　序列栏
　　新建序列、提取区域、反向互补序列、翻译、撤销翻译、环形视图、自由gap比对、改变计数起点、转换RNA及DNA、设定reads用于拼接、设定read方向、按照ID切割序列文件、将多序列合并，按照列表提取序列
　　注释、预测栏
　　修整低质量序列、按照数据库来注释、查找ORF、搜索模体、查找变异/SNP、查找低/高覆盖区域、计算表达量、比较表达水平、翻译注释、比较注释、优化密码子
　　帮助栏
　　帮助、教程、在线资源、检测更新、获得支持、激活、安装生产管理软件系统、使用流动号、解除激活、在线购买、有关Geneious。
　　导入、输出和查找
　　从硬盘导入序列
　　点击File → Import → From file.
　　输入格式
　　输入格式支持几乎所有格式
　　Format
　　Extensions
　　Data types
　　Common sources
　　BED
　　*.bed
　　Annotations
　　UCSC
　　Common Assembly Format
　　*.caf
　　Contigs
　　Sequencher
　　Clustal
　　*.aln
　　Alignments
　　ClustalX
　　CSFASTA
　　*.csfasta
　　Color space FASTA
　　ABI SOLiD
　　DNAStar
　　*.seq, *.pro
　　Nucleotide & protein sequences
　　DNAStar
　　DNA Strider
　　*.str
　　Sequences
　　DNA Strider (Mac program), ApE
　　Embl/UniProt
　　*.embl, *.swp
　　Sequences
　　Embl, UniProt
　　Endnote (8.0 or 9.0) XML
　　*.xml
　　Journal article references
　　Endnote,Journal article websites
　　FASTA
　　*.fasta, *.fas, etc.
　　Sequences, alignments
　　PAUP*,ClustalX, BLAST, FASTA
　　FASTQ
　　*.fastq, *.fasq
　　Sequences with quality
　　Solexa/Illumina
　　GCG
　　*.seq
　　Sequences
　　GCG
　　GenBank
　　*.gb, *.xml
　　Nucleotide & protein sequences
　　GenBank
　　Geneious
　　*.xml, *.geneious
　　Preferences, databases
　　Geneious
　　Geneious Education
　　*.tutorial.zip
　　Tutorial, assignment etc.
　　Geneious
　　GFF
　　*.gff
　　Annotations
　　Sanger Artemis
　　MEGA
　　*.meg
　　Alignments
　　MEGA
　　Molecular structure
　　*.pdb, *.mol, *.xyz, *.cml,
　　*.gpr, *.hin, *.nwo
　　3D molecular structures
　　3D structure databases and programs
　　Newick
　　*.tre, *.tree, etc.
　　Phylogenetic trees
　　PHYLIP, Tree-Puzzle, PAUP*, ClustalX
　　Nexus
　　*.nxs, *.nex
　　Trees, Alignments
　　PAUP*, Mesquite, MrBayes & MacClade
　　PDB
　　*.pdb
　　3D Protein structures
　　SP3, SP2, SPARKS, Protein Data Bank
　　PDF
　　*.pdf
　　Documents, presentations
　　Adobe Writer, LATEX, Miktex
　　Phrap ACE
　　*.ace
　　Contig assemblies
　　Phrap/Consed
　　PileUp
　　*.msf
　　Alignments
　　pileup (gcg)
　　PIR/NBRF
　　*.pir
　　Sequences, alignments
　　NBRF PIR
　　Qual
　　*.qual
　　Quality file
　　Associated with a FASTA file
　　Raw sequence text
　　*.seq
　　Sequences
　　Any file that contains only a sequence
　　Rich Sequence Format
　　*.rsf
　　Sequences, alignments
　　GCGs NetFetch
　　Comma/Tab Separated Values
　　*.csv, *.tsv
　　Spreadsheet files
　　Microsoft Excel
　　SAM/BAM
　　*.sam, *.bam
　　Contigs
　　SAMtools
　　Sequence Chromatograms
　　*.ab1, *.scf
　　Raw sequencing trace & sequence
　　Sequencing machines
　　VCF
　　*.VCF
　　Annotations
　　1000 Genomes Project
　　Vector NTI sequence
　　*.gb, *.gp
　　Nucleotide & protein sequences
　　Vector NTI
　　Vector NTI/AlignX alignment
　　*.apr
　　Alignments
　　Vector NTI, AlignX
　　Vector NTI Archive
　　*.ma4, *.pa4, *.oa4,
　　Nucleotide & protein sequences,
　　*.ea4, *.ca6
　　enzyme sets and publications
　　Vector NTI
　　Vector NTI/ContigExpress
　　*.cep
　　Nucleotide sequence assemblies
　　Vector NTI
　　Vector NTI database
　　VNTI Database
　　Nucleotide & protein sequences,
　　enzyme sets and publications
　　Vector NTI
　　从公共数据库导入数据
　　可以从NCBI和UniProt下载数据，搜索起来很方便
　　输出文件格式
　　输出格式有很多
　　Data type
　　Export format options
　　DNA sequence
　　FASTA, Genbank XML, Genbank flat, Geneious
　　Amino acid sequence
　　FASTA, Genbank XML, Genbank flat, Geneious
　　Chromatogram sequence
　　ABI, Geneious
　　Sequence with quality
　　FastQ, Qual, Geneious
　　Annotation
　　GFF, BED, Geneious
　　Multiple sequence alignment
　　Phylip, FASTA, NEXUS, MEGA, Geneious
　　Assembly
　　Phrap ACE, Geneious, SAM/BAM
　　Phylogenetic tree
　　Phylip, FASTA, NEXUS, Newick, MEGA, Geneious
　　PDF document
　　PDF, Geneious
　　Publication
　　EndNote 8.0, Geneious
　　Graphs
　　CSV, WIG
　　Document Properties
　　CSV, TSV, Geneious
　　管理本地文件
　　文件种类包括序列文件、引物文件、酶文件、染色体文件、contig、蛋白序列、发育树、3D结构、序列比对文件、文章、pdf、其他
　　可以搜索和过滤文件
　　创建、查看和编辑序列
　　序列视图基因组视图
　　侧控制栏：普通、图像、表格、注释、实时注释和预测、限制性分析、其他、统计放大、缩小、移动各种可视化效果改变碱基颜色、各种显示效果
　　显示核酸、互补链、翻译，可选密码子与蛋白质颜色显示碱基、GC含量等显示注释可以进行注释和基因预测
　　可以显示限制性酶切位点调整各种显示细节
　　实时统计所选区域的碱基、氨基酸、密码子使用等情况可以保存和载入设置的风格
　　抬头栏：序列视图、注释、点阵图、文本总结、信息左右移动、提取序列至新的文件、反向互补序列、翻译、加入/编辑注释、允许编辑、注释/预测、引物设计、保存
　　DNA、RNA、蛋白质结构查看
　　可以查看RNA、DNA结构可以查看蛋白质结构
　　利用注释工作
　　可以查看，个性化风格、导出表格、编辑注释提取注释导入注释比对几个基因组的注释
　　序列比对
　　可进行双序列、多序列、基因组比对，翻译成蛋白质比对、点阵图比对结果峰图显示比对结果序列显示
　　拼接和mapping
　　从头拼接、Map到参考序列序列质量过滤查看contig编辑contig分析拼接和比对查找多态位点、SNP、计算和比较表达量
　　建树对树进行美化
　　引物设计
　　可以设计引物、克隆引物、遗传分析用的大量引物、批量设计引物、克隆查找限制性酶切位点、CRISPR位点查找等等功能
　　BLAST设定参数结果