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R语言教程:两样本秩和检验

4月28日 罗刹长投稿
  医学研究的R语言应用(3):两样本秩和检验
  同期SPSS教程篇,已经就两样本检验,进行了详细的叙述(SPSS统计分析策略(3):两样本秩和检验),本文采用R语言对本案例进行分析。
  研究实例
  某研究者将小鼠随机分为两组,观察局部加热治疗小鼠移植肿瘤的疗效,以生存时间(日)作为观察指标,实验结果见下表,试检验两组小鼠生存日数有无差别?详见rat。sav(SPSS格式)
  局部加热组:10,12,15,15,15,16,20,23,30,40
  空白对照组:2,3,3,3,4,4,4,6,9,11,12,14
  数据导入、整理与描述
  加载必要的包
  library(foreign)第1篇介绍
  library(nortest)第1篇介绍
  library(CBCgrps)第2篇介绍
  library(tidyverse)第1篇介绍
  library(car)本篇首次出现,用于方差齐性检验
  重复之前第2篇R语言的操作,将数据导入进来
  library(foreign)利用foreign直接将数据库从SPSS中导入
  setwd(E:zwj云数据RSPSS)此处设定好工作空间
  e3read。spss(rat。)读取数据集,
  e3as。data。frame(e3)
  str(e3)浏览变量
  is。factor(e3group)group变量是因子吗?
  is。numeric(e3time)group变量是数值吗?
  利tapply语句进行初步统计
  tapply(e3time,e3group,median)
  tapply(e3time,e3group,mean)
  tapply(e3time,e3group,IQR)
  tapply(e3time,e3group,sd
  太麻烦,创建个函数再进行统计分析
  fun1function(x1,x2){
  tapply(x1,x2,median)
  tapply(x1,x2,mean)
  IQRtapply(x1,x2,IQR)
  tapply(x1,x2,sd)
  y5cbind(median,mean,IQR,sd)
  return(y5)
  }
  fun1(e3time,e3group)
  SW法进行两组数据的正态性检验
  tapply(e3time,e1group,shapiro。test)
  分别绘制两组小鼠的直方图
  par(mfrowc(1,2))两幅子图在同一行显示
  hist(e3time〔e3group1〕,
  ,,生存时间(日),
  局部加热组直方图)
  hist(e3time〔e3group2〕,
  ,,生存时间(日),
  空白对照组组直方图)
  用tapply也可以简单绘制直方图
  tapply(e3time,e3group,hist)
  两样本秩和检验
  最常见的两样本秩和检验方法,R语言自带包
  wilcox。test(timegroup,datae3,mu0,
  pairedFALSE,conf。intT,correctF,conf。level0。95)
  经常会出现以下警告。它的意思是,原始数据中有相等的变量值出现(ties),无法采用精确法进行P值,只能采用正态近似法。
  exactRankTests包也可以进行秩和检验,该包倒可以开展精确法计算P值。
  library(exactRankTests)
  wilcox。exact(timegroup,datae3,exactF,correctF,pairedF,conf。intTRUE)
  第三种方法,利用用Coin包,它能给出z值
  library(coin)
  e3factor(e3group)
  近似正态法
  wilcoxtest(timegroup,conf。intTRUE,
  ,datae3)
  确切概率法
  wilcoxtest(timegroup,conf。intTRUE,
  ,datae3)
  利用CBCgrps包快速分析与制表
  最后不妨玩一下CBCgrps包进行t检验(CBCgrps包详见上一讲介绍:太棒了!安利一个快速批量统计分析、制作三线表的R语言包),该结果自动根据正态性选择秩和检验方法
  tab1twogrps(e1,,ShowStatisticT)
  print(tab1,quoteT)
  本方法没有z怎么办,请结合coin:wilcoxtest一起分析
  数据导出后形成excel格式,复制到word后,就可以快速制表了
  write。csv(tab1,tab1。)
  本文结束,如有程序有问题,请联系本人修改
  meta分析
  R语言
  真实世界研究
  统计技巧

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