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　　1、蓝藻很难消化，造成水体富营养化
　　在一些营养丰富的水体中，由于难以消化所以很多鱼类不吃。有些蓝藻常于夏季大量繁殖，并在水面形成一层蓝绿色而有恶臭味的浮沫，称为“水华”，大规模的蓝藻爆发，被称为“绿潮”（和海洋发生的赤潮对应）。绿潮引起水质恶化，严重时耗尽水中氧气而造成鱼类的死亡。
　　2、蓝藻水华引起水体生物多样性急剧降低
　　蓝藻大量繁殖恶化了水中的通风、光照、缺氧；导致水中浮游生物的生长繁殖，从而阻碍水藻的光合作用。减少了鱼类的生存空间，使与池中的丝状藻和浮游藻等不能合成本身所需要的营养而导致死亡
　　3、蓝藻大量繁殖导致水体缺氧，水质变坏
　　由于缺氧甚至无氧且水质变坏，蓝藻中有些种类（如微囊藻）还会产生毒素（简称MC），大约50无的绿潮中含有大量MC。MC除了直接对鱼类、人畜产生毒害之外，是强烈的致癌物质，也是肝癌的重要诱因；直接威胁着人类的健康和生存〔1〕；而且MC耐热，不易被沸水分解，但可被活性碳吸收，所以可以用活性碳净水器对被污染水源进行净化。
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